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Departamento de Bioquímica e Imunologia - UFMG

PERFIL: José Miguel Ortega

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Laboratório de Biodados

Nosso laboratório tem como principal objetivo o desenvolvimento de ferramentas bioinformáticas. Muitas delas permitem responder à pergunta da canção: 'Se eu souber os genes do teu corpo que os outros bichos também têm, sei qual é o mais novo e mais antigo, vou te conhecer como ninguém'. Com isso conseguimos desvendar a maneira como uma resposta bioquímica e imunológica, como a resposta a interferon, se forma ao longo da evolução, identificando (por cores, na figura) os ancestrais humanos nos quais os genes vão aparecendo. Nós, às vezes, utilizamos vias obtidas da literatura ou de sites de vias, mas quando elas não existem, a gente as fabrica, como a via de interação do vírus Ebola com a célula hospedeira, ou a via da floração, ou a da formação de glândulas mamárias. Para tanto, utilizamos um software de mineração de texto denominado PESCADOR. E com ferramentas como TaxOnTree observamos a filogenia do gene e deduzimos o ancestral comum.

O diferencial de nossas pesquisas é a habilidade em lidar com big data, utilizando bancos de dados, integração dos dados com outras bases, etc., de modo a formar egressos com grande possibilidade de serem nucleados por suas habilidades. Nossos bancos de dados recentemente começaram a envolver dados de expressão gênica, identificando genes específicos de tecidos e redes de regulação na cromatina. Também trabalhando em larga escala estudamos o clado de origem de todos os genes de uma vasta coleção de vias regulatórias do Kegg. Retratamos as vizinhanças locais de SNPs em larga escala na base SNP LANE. Embora a metodologia seja em bioinformática, como se pode depreender, a temática abrange a bioquímica, a imunologia e a biologia molecular.

Atualmente, nosso grupo é composto por um aluno de iniciação científica, dois mestrandos e cinco doutorandos. Há sempre que possível disponibilidade de vagas no grupo, portanto, caso tenha interesse em integrar nosso grupo de pesquisa, ou se precisar de auxílio em nossas especialidades, entre em contato pelo Whatsapp: (31) 99164-5835.



Biodados Laboratory

Our laboratory has as main objective the development of bioinformatics tools. Many of them allow you to answer the question of the song: 'If I know the genes of your body that the other animals also have, I know which is the youngest and oldest, I will know you as nobody.' In this way, we can see how a biochemical and immunological response, such as the response to interferon, forms throughout evolution, identifying (by color, in the figure) the human ancestors in which genes appear. We sometimes use pathways obtained from the literature or from pathways websites, but when they do not exist, we make them, such as the Ebola virus interaction pathway with the host cell, or the path of flowering, or formation of mammary glands. To do so, we use text mining software called PESCADOR. And with tools like TaxOnTree we observe the phylogeny of the gene and deduce the common ancestor.

The differential of our research is the ability to deal with big data, using databases, integration of data with other bases, etc., in order to form graduates with great possibility of being nucleated by their abilities. Our data sets have recently begun to involve gene expression data, identifying tissue-specific genes and regulatory networks in the chromatin. Also working on a large scale we studied the origin clade of all genes from a wide collection of Kegg regulatory pathways. We depicted local neighborhoods of large-scale SNPs at the SNP LANE database. Although the methodology is on bioinformatics, as it can be noticed, the subject of interest covers biochemistry, immunology and molecular biology.

Currently, our group consists of one student of scientific initiation, two masters and five doctoral students. There is always a possibility of positions in the group, so if you are interested in joining our research group, or if you need help in our expertises, please contact by Whatsapp: (31) 99164-5835.

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Currículo Lattes:

E-mail: miguel@icb.ufmg.br; miguel@ufmg.br; biodados@gmail.com

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